Dưới thời Việt Nam Cộng hòa, địa bàn xã Phú Hiệp ngày nay là xã Châu Giang thuộc quận Châu Phú, tỉnh Châu Đốc.

Sau năm 1975, xã Châu Giang thuộc huyện Phú Tân, tỉnh An Giang.

Ngày 23 tháng 8 năm 1980, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định 125-CP[1]. Theo đó, đổi tên xã Châu Giang thành xã Phú Hiệp.

Ngày 24 tháng 8 năm 2009, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 40/NQ-CP[3]. Theo đó:

• Điều chỉnh 182 ha diện tích tự nhiên và 152 người của xã Lê Chánh, huyện Tân Châu về xã Phú Hiệp quản lý
• Điều chỉnh 364 ha diện tích tự nhiên và 9.072 người của xã Phú Hiệp về xã Châu Phong, huyện Tân Châu quản lý.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Phú Hiệp còn lại 1.673 ha diện tích tự nhiên và 5.729 người.